Mi-24-helikopteret ble skutt ned mandag av et bemannet bakke-til-luftforsvarssystem i nærheten av grensa til den aserbajdsjanske eksklaven Nakhitsjevan, opplyser forsvarsdepartementet i Moskva.
Kort tid senere erkjente Aserbajdsjan at de står bak.
– Den aserbajdsjanske siden ber om unnskyldning til den russiske siden i forbindelse med denne tragiske hendelsen, sier utenriksdepartementet i en uttalelse.
Handlingen var en ulykke og var «ikke rettet mot Moskva», heter det videre.
Les også: Bombenedslag stengte viktig vei i Nagorno Karabakh: - Frykter humanitær katastrofe
Åpen krig
Aserbajdsjan er i krig med armensk-støttede separatister i regionen Nagorno-Karabakh. Kampene mellom armenske og aserbajdsjanske soldater har rast i seks uker i regionen, som ligger i Aserbajdsjan, men som har vært kontrollert av armenere siden 1994.
Nakhitsjevan ligger rundt sju mil fra den omstridte regionen, og det er uklart om nedskytingen av helikopteret er knyttet til den konflikten.
Russlands forsvarsminister sier helikopteret fulgte en militærkolonne, hvis oppdrag er ukjent. Russland har en stor militærbase i Armenia, men den ligger 15 mil unna stedet der helikopteret ble skutt ned.
En tredje såret
En tredje person ble såret og evakuert etter helikopternedskytingen, opplyser forsvarsdepartementet.
Søndag hevdet Aserbajdsjans president at de hadde erobret den viktig byen Sjusja i Nagorno-Karabakh. Dette avviste Armenia.
Les også: Erdogan: Aserbajdsjan nær seier i Nagorno-Karabakh