To politimenn ble såret da Mohammad Yasin åpnet ild mot dem da de kom for å pågripe ham, opplyser sikkerhetskilder.
Sikkerhetsstyrker lette natt til søndag etter flere Hamas-aktivister i byen, som ligger nord på Vestbredden, helt på grensa til Israel.
Hamas anklager president Mahmoud Abbas og hans Fatah-parti for å bruke sikkerhetsstyrkene i et skittent maktspill på Vestbredden, men anklages selv for å forfølge Fatah-medlemmer på Gazastripen.
De to rivaliserende fraksjonene har i flere måneder forhandlet om en nasjonal samlingsregjering og har gitt seg selv frist til 7. juli med å bli enige.
En talsmann for Hamas på Gazastripen hevder at lørdagens aksjon i Qalqilya var et forsøk fra Fatahs side på å sabotere regjeringsforhandlingene.
Hamas anklager også de Abbas-kontrollerte sikkerhetsstyrkene for å ha bistått Israel med å drepe en av bevegelsens ledere i Hebron på Vestbredden torsdag. (©NTB)
