Han talte tirsdag da FNs sikkerhetsråd diskuterte problemet, som skyldes den globale oppvarmingen.
– Lavtliggende samfunn og hele land kan forsvinne for alltid, sa FNs generalsekretær.
I Sikkerhetsrådet advarte han mot en masseforflytting «av hele befolkninger i et bibelsk omfang».
Bangladesh, Kina, India og Nederland er blant landene som er utsatt når havet stiger. Det er også en lang rekke store kystbyer.
Blant disse er London, New York, Los Angeles, Buenos Aires, Shanghai, Jakarta, Kairo, Lagos, Bangkok, Dhaka og den danske hovedstaden København, ifølge Guterres.
900 millioner mennesker bor i lavtliggende kystområder som er sårbare når vannet stiger. Hvor kraftig stigningen blir, avhenger blant annet av om verdenssamfunnet klarer å kutte utslippene av klimagasser.
(©NTB)